該市的總面積為89.6平方英里（232.1平方千米）；其中陸地面積為48.4平方英里（125.4平方千米），水域面積為41.2平方英里（106.7平方千米，占46.0%）。而其它許多人口相仿的城市，如丹佛有154.9平方英里，而夏洛特有280.5平方英里。在50萬人口以上的美國城市中，只有舊金山和華盛頓的面積小于波士頓。波士頓的海拔高度，以洛根國際機場為標準，是19英尺（5.8米）。波士頓的最高點是貝勒維爾山，海拔330英尺（101米）。與波士頓毗鄰的城鎮有溫索普、里維爾、切爾西、艾弗瑞、薩默維爾、劍橋、水城、牛頓、布魯克蘭、尼達姆、戴得漢姆、坎頓、米爾頓和昆西，通常都被認為是大波士頓的一部分。
波士頓公園（Boston Common）位于金融區和燈塔山附近，是美國最古老的公園。連同附近的波士頓公共花園，都屬于“翡翠項鏈”（一系列環繞城市的公園）的一部分。
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